Der KWF vergibt Förderungsmittel im Rahmen nationaler sowie EU-Förderungsprogramme. Jeder Projektpartner und Förderungskunde, der an einem geförderten Projekt beteiligt ist, wird auf nationaler Ebene durch eine unabhängige Prüfstelle (First Level Control Stelle| FLC) geprüft. 

Nach Einreichung der Ausgabenerklärungen, Abrechnungsunterlagen sowie sonstiger erforderlicher Nachweise durch den Förderungskunden erfolgt die Prüfung sämtlicher Unterlagen und Auflagen gemäß geltenden Bestimmungen durch die FLC. Der Prüffokus liegt dabei auf projektspezifischen und formellen Kriterien sowie letztlich der widmungsgemäßen Verwendung der genehmigten Förderungsmittel. Erst nach Prüfung durch die FLC erfolgt die Auszahlung der Förderungsmittel an den Förderungskunden.